การบริหารของวิทยาลัยสงฆ์สุราษฎร์ธานี ได้ดำเนินตามมารฐานคุณภาพการศุึกษา ของมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยมีการจัดการเรียนการสอน 3 หลักสูตร คือ หลักสูตรพุทธศาสตร์บัณฑิตสาขาวิชาศาสนา หลักสูตรพุทธศาสตรบัณฑิตสาขาวิชาการจัดการเชิงพุทธ และหลักสูตรรัฐประศาสนศาสตรบัณฑิต สาขาวิชารัฐประศาสนศาสตร์ โดยจัดทำแผนกลยุทธ์จากผลการวิเคราะห์ SWOT โดยเชื่อมโยง กับวิสัยทัศน์ของคณะและสถาบันรวมทั้งสอดคล้องกับกลุ่มสถาบันและเอกลักษณ์ของคณะ และพัฒนาไปสู่แผนกลยุทธ์ทางการเงินและแผนปฏิบัติการประจำปีตามกรอบเวลาเพื่อให้บรรลุผลตามตัวบ่งชี้และเป้าหมายของแผนกลยุทธ์และเสนอผู้บริหารระดับสถาบันเพื่อพิจารณาอนุมัติ ได้มีการดำเนินการวิเคราะห์ข้อมูลทางการเงินที่ประกอบไปด้วยการวิเคราะห์ต้นทุนต่อหน่วยในแต่ละหลักสูตรสัดส่วนค่าใช้จ่ายเพื่อพัฒนานิสิต อาจารย์ บุคลากร การจัดการเรียนการสอน อย่างต่อเนื่อง ทั้งนี้ เพื่อวิเคราะห์ความคุ้มค่าของการบริหารหลักสูตร ประสิทธิภาพ ประสิทธิผลในการผลิตบัณฑิตและโอกาสในการแข่งขัน ดำเนินงานตามแผนบริหารความเสี่ยง ที่เป็นผลจากการวิเคราะห์และระบุปัจจัยเสี่ยงที่เกิดจากปัจจัยภายนอก หรือปัจจัยที่ ไม่สามารถควบคุมได้ที่ส่งผลต่อการดำเนินงานตามพันธกิจของคณะและให้ระดับความเสี่ยงลดลงจากเดิม เช่น จำนวนนิสิต งบประมาณดำเนินการ เป็นต้นและการประเมินคุณภาพ
บริหารงานด้วยหลักธรรมาภิบาลอย่างครบถ้วนทั้ง ๑๐ ประการที่แสดงผลการดำเนินงานอย่างชัดเจน ๑) หลักประสิทธิภาพ ๒) หลักประสิทธิผล ๓) หลักการตอบสนอง ๔) หลักภาระความรับผิดชอบ ๕) หลักการโปร่งใส ๖) หลักนิติธรรม ๗) หลักความเสมอภาค ๘) หลักการกระจายอำนาจ ๙) หลักการมีส่วนร่วม และ ๑๐) หลักคุณธรรม/จริยธรรม นอกจากนี้ยังมีการ ค้นหาแนวปฏิบัติที่ดี (Base Pragtis) จากความรู้ทั้งที่มีอยู่ในตัวบุคคลทักษะ ของผู้มีประสบการณ์ตรงและแหล่งเรียนรู้อื่น ๆ ตามประเด็นความรู้ ครอบคลุมพันธกิจด้านการผลิตบัณฑิตและด้านการวิจัยจัดเก็บอย่างเป็นระบบ โดยเผยแพร่ออกมาเป็นลายลักษณ์อักษรและนำมาปรับใช้
การกำกับติดตามผลการดำเนินงานตามแผนการบริหารและแผนพัฒนาบุคลากรสายวิชาการและสายสนับสนุน นอกจากนี้ยังมีการดำเนินงานด้านการประกันคุณภาพการศึกษาภายในตาม ระบบและกลไกที่เหมาะสมและสอดคล้องกับพันธกิจและพัฒนา การ ของวิทยาลัยสงฆ์ที่ได้ปรับให้การดำเนินงานด้านการประกันคุณภาพเป็นส่วนหนึ่งของการบริหารงานตามปกติที่ประกอบด้วย การควบคุมคุณภาพ การตรวจสอบคุณภาพ